1.1 กองบริหารการศึกษา
1.2 กองทรัพยากรบุคคล
1.3 กองบริหารงานวิจัย
1.4 กองกายภาพและสิ่งแวดล้อม
1.5 กองกิจการนักศึกษา
1.6 กองแผนงาน
1.7 กองคลัง
1.8 กองพัฒนาคุณภาพ
1.9 ศูนย์บริหารความปลอดภัย อาชีวอนามัยและสภาพแวดล้อมในการทำงาน
2. คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล
3. คณะสาธารณสุขศาสตร์
4. คณะเทคนิคการแพทย์
5. คณะเวชศาสตร์เขตร้อน
6. คณะวิทยาศาสตร์
7. บัณฑิตวิทยาลัย
8. คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี
9. คณะทันตแพทยศาสตร์
10. คณะเภสัชศาสตร์
11. คณะสังคมศาสตร์และมนุษยศาสตร์
12. คณะพยาบาลศาสตร์
13. คณะสิ่งแวดล้อมและทรัพยากรศาสตร์
14. คณะวิศวกรรมศาสตร์
15. คณะสัตวแพทยศาสตร์
16. คณะกายภาพบำบัด
17. คณะศิลปศาสตร์
18. คณะเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
19. สถาบันวิจัยประชากรและสังคม
20. สถาบันโภชนาการ
21. สถาบันวิจัยภาษาและวัฒนธรรมเอเซีย
22. สถาบันชีววิทยาศาสตร์โมเลกุล
23. สถาบันพัฒนาสุขภาพอาเซียน
24. สถาบันแห่งชาติเพื่อการพัฒนาเด็กและครอบครัว
25. สถาบันนวัตกรรมการเรียนรู้
26. สถาบันวิทยาศาสตร์การวิเคราะห์และตรวจสารในการกีฬา
27. หอสมุดและคลังความรู้มหาวิทยาลัยมหิดล
28. ศูนย์สัตว์ทดลองแห่งชาติ
29. ศูนย์จิตตปัญญาศึกษา
30. วิทยาลัยราชสุดา
31. วิทยาลัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการกีฬา
32. วิทยาลัยนานาชาติ
33. วิทยาลัยดุริยางคศิลป์
34. วิทยาลัยการจัดการ
35. วิทยาลัยศาสนศึกษา
36. วิทยาเขตกาญจนบุรี
37. โครงการจัดตั้งวิทยาเขตนครสวรรค์
38. โครงการจัดตั้งวิทยาเขตอำนาจเจริญ
39. โครงการจัดตั้งสถาบันสิทธิมนุษยชนและสันติศึกษา