ศาสตราจารย์ แพทย์หญิง
คุณหญิงตระหนักจิต หะริณสุต
รองอธิการบดีมหาวิทยาลัยมหิดล ฝ่ายวิชาการ
(ดำรงตำแหน่ง 5 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2519 – 23 ธันวาคม พ.ศ. 2522)

ศาสตราจารย์สถิตย์ สิริสิงห
รองอธิการบดีมหาวิทยาลัยมหิดล ฝ่ายวิชาการ
(ดำรงตำแหน่ง 24 ธันวาคม พ.ศ. 2522 – 12 ธันวาคม พ.ศ. 2526)

ศาสตราจารย์บุญชอบ พงษ์พาณิชย์
รองอธิการบดี ฝ่ายวิชาการ มหาวิทยาลัยมหิดล
(ดำรงตำแหน่ง 13 ธันวาคม พ.ศ. 2526 – 8 ธันวาคม พ.ศ. 2530)

ศาสตราจารย์มนตรี ตู้จินดา
รองอธิการบดี ฝ่ายวิชาการ
(ดำรงตำแหน่ง 9 ธันวาคม พ.ศ. 2530 – 8 ธันวาคม พ.ศ. 2534)

ศาสตราจารย์ศรีสิน คูสมิทธ์
รองอธิการบดีมหาวิทยาลัยมหิดล ฝ่ายวิชาการ
(ดำรงตำแหน่ง 1 พฤศจิกายน พ.ศ. 2540 – 15 ธันวาคม พ.ศ. 2542)

ศาสตราจารย์สมหวัง ด่านชัยวิจิตร
รองอธิการบดีฝ่ายพัฒนาวิชาการ วิชาชีพและวิจัย
(ดำรงตำแหน่ง 16 ธันวาคม พ.ศ. 2542 – 8 ธันวาคม พ.ศ. 2546)

ศาสตราจารย์สมพล พงศ์ไทย
รองอธิการบดีฝ่ายวิชาการ และวิชาชีพ
(ดำรงตำแหน่ง 17 พฤศจิกายน พ.ศ. 2547 – 22 พฤศจิกายน พ.ศ. 2549)

ศาสตราจารย์สมพล พงศ์ไทย
รองอธิการบดีและรองอธิการบดีฝ่ายพัฒนาวิชาการและวิชาชีพ
(ดำรงตำแหน่ง 23 พฤศจิกายน พ.ศ. 2549 – 8 ธันวาคม พ.ศ. 2550)

ศาสตราจารย์ประสิทธิ์ วัฒนาภา
รองอธิการบดีฝ่ายการศึกษาและทรัพยากรบุคคล
(ดำรงตำแหน่ง 9 ธันวาคม พ.ศ. 2550 – 31 สิงหาคม พ.ศ. 2551)

ผู้ช่วยศาสตราจารย์สุนันทา วิบูลย์จันทร์
รองอธิการบดีฝ่ายการศึกษา มหาวิทยาลัยมหิดล
(ดำรงตำแหน่ง 1 กันยายน พ.ศ. 2551 – 8 ธันวาคม พ.ศ. 2554)

รองศาสตราจารย์เยาวลักษณ์ สุขธนะ
รองอธิการบดีฝ่ายการศึกษา
(ดำรงตำแหน่ง 22 ธันวาคม พ.ศ. 2554 – 30 กันยายน พ.ศ. 2555)

ศาสตราจารย์เรืออากาศเอกหญิงวณิชา ชื่นกองแก้ว
รองอธิการบดีฝ่ายการศึกษา
(ดำรงตำแหน่ง 18 ตุลาคม พ.ศ. 2555 – 4 มกราคม พ.ศ. 2558)

ผู้ช่วยศาสตราจารย์เชิญโชค ศรขวัญ
รองอธิการบดีฝ่ายการศึกษาและวิทยาเขตกาญจนบุรี
(ดำรงตำแหน่ง 1 พฤษภาคม พ.ศ. 2558 – 8 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2559)

รองศาสตราจารย์ นายแพทย์สุวัฒน์ เบญจพลพิทักษ์
รองอธิการบดีฝ่ายการศึกษา มหาวิทยาลัยมหิดล
(ดำรงตำแหน่ง 18 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2559 – 31 มีนาคม พ.ศ. 2560)

รองศาสตราจารย์ ดร. เภสัชกรเนติ สุขสมบูรณ์
รองอธิการบดีฝ่ายการศึกษา
(ดำรงตำแหน่ง 20 สิงหาคม พ.ศ. 2563 – ปัจจุบัน)