สำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยมหิดล ได้รับอนุมัติจาก ก.ม.ตามหนังสือทบวงมหาวิทยาลัย ที่ ทม0202/19682 ลงวันที่ 13 สิงหาคม พ.ศ. 2528  โดยกำหนดให้แบ่งส่วนราชการออกเป็น 4 งาน คือ

1. งานธุรการ
2. งานเรียนการสอน
3. งานส่งเสริมทางวิจัยและตำรา
4. งานทะเบียนสถิตินักศึกษาโดยมีหน้าที่หลัก คือ การสนับสนุนภารกิจด้านวิชาการอันเป็นภารกิจที่สำคัญยิ่งของมหาวิทยาลัยมหิดลให้คงความเป็นเลิศทางวิชาการในฐานะเป็นสถาบันอุดมศึกษาชั้นนำของประเทศ ทั้งในด้านการเรียน การสอน การศึกษาวิจัย การบริการทางวิชาการแก่สังคมและการทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม

ตั้งแต่ได้รับอนุมัติจาก ก.ม. เมื่อปี พ.ศ. 2528  กองบริการการศึกษาได้ปฏิบัติภารกิจสนับสนุนการบริหารงานตามนโยบายของมหาวิทยาลัยด้วยดีตลอดมา กอปรกับได้มีการพัฒนาการศึกษาในมหาวิทยาลัยมหิดลมากยิ่งขึ้น  และรวดเร็วยิ่งขึ้น  ภารกิจในหน้าที่ของกองบริการการศึกษาจึงได้ขยายขอบเขตกว้างขวางยิ่งขึ้นตามไปด้วย  นอกจากนี้ ยังได้รับมอบหมายงานนอกเหนือจากงานที่กำหนดไว้ให้เป็นภารกิจเดิมจำนวนหลายงาน  ผู้บริหารมหาวิทยาลัยจึงเห็นสมควรขยาย 2 งาน  ออกจากกองบริการการศึกษาไปจัดตั้งเป็นหน่วยงานใหม่  โดยได้บรรจุเรื่องนี้ไว้ในแผนพัฒนาการศึกษาระดับอุดมศึกษา ฉบับที่ 7 (พ.ศ. 2535-2539) คือ ขยายงานส่งเสริมการวิจัยและตำรา เป็นกองบริหารงานวิจัย  และงานทะเบียนสถิตินักศึกษา เป็นกองทะเบียนและประมวลผล  ต่อมาสภามหาวิทยาลัยมหิดลในคราวประชุมครั้งที่ 254 เมื่อวันที่ 29 มีนาคม พ.ศ. 2538  และในคราวประชุมครั้งที่ 258 เมื่อวันที่ 26 กรกฎาคม พ.ศ. 2538  ได้มีมติเห็นชอบให้จัดตั้ง โครงการจัดตั้งกองบริหารงานวิจัย และโครงการจัดตั้งกองทะเบียนและประมวลผลตามลำดับ  ดังนั้น กองบริการการศึกษาตามโครงสร้างของ ก.ม.จึงมีเพียง 2 งาน คือ งานธุรการ และงานพัฒนาการเรียนการสอน และแบ่งส่วนงานภายในกองอีก 2 งาน คือ งานส่งเสริมและพัฒนาวิชาการ  และงานส่งเสริมและบริการทางวิชาการ

เมื่อมหาวิทยาลัยได้ออกมาเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ (ปี พ.ศ. 2552) กองบริการการศึกษาได้จัดทำโครงสร้างขององค์กรขึ้นใหม่ โดยรวมกองทะเบียนและประมวลผล และเปลี่ยนชื่อเป็นกองบริหารการศึกษา  เพื่อปฏิบัติภารกิจ และการพัฒนางานให้สอดคล้องกับวิสัยทัศน์ และพันธกิจของมหาวิทยาลัย โดยจัดการงานด้านบริหารการศึกษาสนับสนุนงานด้านการจัดการเรียนการสอนให้มีประสิทธิภาพเพื่อสนับสนุนการเป็นมหาวิทยาลัยโลก  และสนองตอบนโยบายของมหาวิทยาลัยมหิดลได้อย่างมีประสิทธิภาพ และประสิทธิผล ปัจจุบันกองบริหารการศึกษาแบ่งส่วนงานภายในกองเป็น 4 งาน คือ

1.งานพัฒนาการศึกษา
2.งานบริการการศึกษา
3.งานทะเบียนและประมวลผล
4.งานเทคโนโลยีการศึกษา

ยุทธศาสตร์
Innovative Education and Authentic Learning