มหาวิทยาลัยมหิดล มีปณิธานสำคัญของการเป็น “ปัญญาของแผ่นดิน” โดยมีพันธกิจหลักเพื่อสร้างความเป็นเลิศทางด้านสุขภาพ ศาสตร์ ศิลป์ และนวัตกรรม บนพื้นฐานคุณธรรม เพื่อสังคมไทย และประโยชน์สุขแก่มวลมนุษยชาติ และ ได้กำหนดยุทธศาสตร์การบริหารจัดการเพื่อความยั่งยืน เพื่อหนุนเสริมมหาวิทยาลัยสู่เป้าหมายการเป็นมหาวิทยาลัยระดับโลก โดยมีนโยบายส่งเสริมการสร้างมหาวิทยาลัยเชิงนิเวศน์ (Eco University) ที่มีเป้าหมายชัดเจนของการสร้างให้เกิดการพัฒนาอย่างยั่งยืน (Sustainable Development) ทั้งภายในมหาวิทยาลัยและชุมชนโดยรอบมหาวิทยาลัย ด้วยการสร้างให้เกิดดุลยภาพของมิติเชิงเศรษฐกิจ สังคม และสิ่งแวดล้อม อันจะนำมาซึ่งความมีประสิทธิภาพของการใช้ทรัพยากร ความเท่าเทียมกันของสังคม และคุณภาพชีวิตที่ดีขึ้นของบุคลากร นักศึกษา และชุมชนโดยรอบมหาวิทยาลัย
จากผลสำเร็จของโครงการ “Clean and Clear” ในปี 2551 และการพัฒนาตามแนวยุทธศาสตร์ ในปี 2555 – 2563 โดยได้วางกลยุทธ์ 3 แนวทาง คือ