มหาวิทยาลัยมหิดล ศาลายา ได้ดำเนินการบำบัดน้ำเสียด้วยระบบบำบัดน้ำเสียส่วนกลางภายในมหาวิทยาลัย ตั้งแต่ พ.ศ. 2557 และมีการควบคุมคุณภาพน้ำโดยตรวจวิเคราะห์น้ำเสียทุก 1 เดือน ที่คลินิคสิ่งแวดล้อม คณะสิ่งแวดล้อมและทรัพยากรศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล โดยน้ำที่ผ่านระบบบำบัดต้องมีคุณาภาพผ่านตามประกาศกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม เรื่อง กำหนดมาตรฐานควบคุมการระบายน้ำทิ้งจากอาคารบางประเภทและบางขนาด (ประเภท ก.)
