มหาวิทยาลัยมหิดลให้ความสำคัญต่อระบบน้ำเป็นอย่างยิ่ง เพื่อเป็นการพัฒนาคุณภาพชีวิตของบุคลากรและนักศึกษาภายในมหาวิทยาลัย นั้น หน่วยระบบน้ำและเครื่องกล งานสาธารณูปโภคและระบบอาคาร กองกายภาพและสิ่งแวดล้อม มีหน้าที่ควบคุมดูแลระบบน้ำประปา ระบบบำบัดน้ำเสีย ระบบน้ำผิวดิน ระบบระบายน้ำฝน ระบบน้ำพุ ระบบดับเพลิง กังหันเติมอากาศ เครื่องกลเติมอากาศ และระบบเครื่องกล รวมถึงงานออกแบบปรับปรุงระบบประปาและสุขาภิบาล ระบบปรับอากาศ และระบบระบายอากาศ หน่วยระบบน้ำและเครื่องกลจึงได้สำรวจและคิดค้นโครงการต่างๆ เพื่อพัฒนามหาวิทยาลัยอย่างต่อเนื่องเพื่อก้าวทันสู่ยุคดิจิทัล และเพื่อให้มหาวิทยาลัยมีการใช้น้ำประปาได้อย่างต่อเนื่องและลดการสูญเสียน้ำประปา ในปี 2560 จึงได้จัดทำโครงการปรับปรุงระบบท่อจ่ายน้ำประปาให้เป็นระบบวงแหวน (Ring Loop System) โดยการวางท่อจ่ายน้ำประปาและบ่อวาล์วควบคุมโซนการเปิด-ปิดน้ำประปาเพิ่มเติมจำนวน 7 บ่อ รวมเป็นจำนวน 23 บ่อ และในปี 2562 – 2563 ได้จัดทำโครงการวางท่อเมนรับน้ำประปาจากการประปาส่วนภูมิภาค HDPE ระยะที่ 2 เพื่อทดแทนท่อจ่ายน้ำประปาเดิมและเพิ่มประสิทธิภาพระบบท่อจ่ายน้ำประปา ทั้งนี้ในปี 2564 ได้จัดทำโครงการงานติดตั้งมาตรวัดน้ำประปาดิจิตอล ระยะที่ 1 เพื่อตรวจสอบติดตามการรั่วซึมของท่อน้ำประปาของส่วนงานออนไลน์ และยกระดับมาตรฐานคุณภาพชีวิตในมหาวิทยาลัยมหิดล ศาลายา
มหาวิทยาลัยมหิดล มีนโยบายส่งเสริมการเป็นมหาวิทยาลัยสีเขียว เพื่อมุ้งเน้นการใช้น้ำอย่างคุ้มค่า และมีการบริหารจัดการน้ำที่ยั่งยืน ซึ่งปี 2555 มีการก่อสร้างระบบบำบัดน้ำเสียแบบ Activated Sludge เพื่อให้คุณภาพน้ำทิ้งถูกต้องตามกฎหมายกรมควบคุมมลพิษ กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม และปี 2562 มีการจัดทำโครงการวางท่อระบบจ่ายน้ำรีไซเคิล ให้หน่วยงานได้นำน้ำเสียที่ผ่านกระบวนการบำบัดกลับมาใช้เพื่อเป็นการประหยัดน้ำประปา ซึ่งสามารถช่วยลดการปล่อยก๊าซคาร์บอนฟุตพริ้นท์ และสอดคล้องกับ SDG เป้าหมายที่ 12 ลดของเสียโดยกระบวนการ reuse และ recycle อีกทั้งยังจัดทำโครงการจ้างลอกท่อระบบระบายน้ำฝนเป็นประจำทุก 2 ปี เพื่อให้มีระบบระบายน้ำที่ดี ไม่มีน้ำท่วมขัง และในปี 2563 ได้จัดซื้อพร้อมติดตั้งอุปกรณ์วัดระดับน้ำ และควบคุมสถานีสูบระบายน้ำฝน รับ-ส่ง ข้อมูลระยะไกล มหาวิทยาลัยมหิดล เพื่อให้สามารถระบายน้ำฝนได้อย่างทันท่วงที
ทั้งนี้ มหาวิทยาลัยมหิดลให้ความสำคัญต่อการอุปโภคและบริโภคของบุคลากรและนักศึกษา ในปี 2563 จึงได้จัดทำโครงการติดตั้งตู้น้ำดื่มอัตโนมัติ บริเวณพื้นที่ส่วนกลาง มหาวิทยาลัยมหิดล ศาลายา และมีการตรวจวิเคราะห์คุณภาพน้ำดื่มปีละ 2 ครั้งเพื่อให้น้ำดื่มมีความปลอดภัยต่อผู้บริโภค และได้รับรองมาตรฐาน NSF/ANSI 61 และ 372 ซึ่งสามารถลดการใช้ขวดพลาสติกแบบครั้งเดียว และทำให้นักศึกษา บุคลากร ผู้สัญจรภายในมหาวิทยาลัยมหิดล ศาลายา ได้มีน้ำดื่มที่สะอาดบริโภคอย่างต่อเนื่อง เพื่อสอดคล้องกับเป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืนโดยเชื่อมโยง SDG เป้าหมายที่ 6 การสร้างหลักประกันว่าจะมีการจัดให้มีน้ำและสุขอนามัยสำหรับทุกคนและมีการบริหารจัดการที่ยั่งยืน