ปัญหาสภาพการจราจรในมหาวิทยาลัยมหิดลนั้น นอกจากจะทำให้ผู้ใช้รถใช้ถนนสัญจรไปมาอย่างยากลำบากแล้ว ยังก่อให้เกิดอุบัติเหตุบนท้องถนนและปัญหามลภาวะทางสิ่งแวดล้อม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในชั่วโมงเร่งด่วน ถึงแม้ว่ามหาวิทยาลัยมหิดลจะมีการใช้มาตรการจำกัดความเร็ว แต่ก็ยังมีผู้ฝ่าฝืน อีกทั้งพื้นที่จอดรถจำกัดพื้นที่ห้ามจอด แต่ปัญหาที่จอดรถก็ยังเกิดขึ้นและมีผลกระทบต่อระบบจราจรภายในพื้นที่ เช่น การจอดรถในที่ห้ามจอด การจอดรถซ้อนคัน และการจอดรถไม่เป็นระเบียบส่งผลเกิดความแออัดคับคั่ง มลภาวะทางอากาศ และการเดินทางจากที่พักของบุคลากรแลนักศึกษามายังมายังมหาวิทยาลัย ยังมีความจำเป็นต้องใช้รถส่วนตัว ในขณะที่ถนนและที่จอดรถมีพื้นทีจำกัด ทำให้ปัญหาดังกล่าวมีความรุนแรงเพิ่มมากขึ้น มหาวิทยาลัยมหิดล ได้ตระหนักถึงปัญหาด้านการจราจร ได้แก้ไขปัญหาโดยได้รณรงค์การใช้รถจักรยานมากยิ่งขึ้น โดยเปิดศูนย์จักก้าเซ็นต์เตอร์สำหรับเปิดให้บริการยืม-คืน อีกทั้งจัดรถรางพลังงานไฟฟ้า เพื่อลดภาระการนำรถยนต์เข้าในพื้นที่
ดังนั้นมหาวิทยาลัยมหิดล จึงเลือกใช้ป้ายจราจร ป้ายเตือน ตลอดจนประกาศมหาวิทยาลัยว่าด้วยกฏจราจรภายในพื้นที่มหาวิทยาลัยมหิดล หรือชั่วโมงเร่งด่วนเปิดประตูในการเข้าทุกช่องทาง พร้อมบริหารจัดการด้วยพนักงานรักษาความปลอดภัย (07.00-09.00 น.) ที่คอยกำกับ ควบคุมการสัญจรในพื้นที่ ในส่วนกลุ่มเป้าหมายได้
ในทุกปีมีการจัดทำคู่มือด้านการจราจร สำหรับนักศึกษาชั้นปีที่ 1 ในวันปฐมนิเทศ เพื่อเข้าใจกฎ ระเบียบ ด้านการจราจรจากประกาศกฏจราจรภายในพื้นที่ ของมหาวิทยาลัยพร้อมประสานงานไปยังกองกิจการนักศึกษาทุกคณะ/สถาบัน เพื่อรับทราบในการบังคับใช้กฎจราจร หากนักศึกษาฝ่าฝืน กองกิจการนักศึกษาของคณะ/สถาบัน จะต้องรับทราบและว่ากล่าวตักเตือนไม่ให้กระทำผิดด้านการจราจรซ้ำอีก
อีกทั้ง มหาวิทยาลัยมหิดลได้มีโครงการสร้างเส้นทางเพื่อการเรียนรู้กฎจราจรและความปลอดภัยเรียกว่าบลูสตรีท (Blue Street) ในปี พ.ศ.2561 เชื่อมไปยังสนามเด็กเล่นและสวนสาธารณะ Salaya Park ภายใต้การดูแลของสถาบันแห่งชาติเพื่อการพัฒนาเด็กและครอบครัว โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเป็นแหล่งเรียนรู้ให้กับเด็กและเยาวชนพร้อมปลูกฝังพฤติกรรมด้านความปลอดภัย โดยถนนจะมีป้ายสัญลักษณ์และเครื่องหมายจราจรตลอดเส้นทาง เพื่อให้เด็กได้เรียนรู้กฎจราจรและความปลอดภัยในการใช้ถนนและทางเท้าอย่างถูกต้อง รวมถึงผู้ใช้เส้นทางภายในมหาวิทยาลัยใช้เส้นทางอย่างระมัดระวังมากยิ่งขึ้น ซึ่งคาดว่าการปลูกฝังเหล่านี้จะสามารถให้เยาวชนเข้าใจในเรื่องของความปลอดภัยมากยิ่งขึ้น
ตลอดระยะเวลาที่ดำเนินการจัดการจราจรภายในมหาวิทยาลัย เป็นการช่วยลดอุบัติเหตุและลดการสะสมของก๊าซพิษนั้น นับว่าเป็นความร่วมมือเพื่อการพัฒนาที่ยั่งยืนตามเป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืนข้อ 3 (Good Health and well-being) เป็นประโยชน์ในการส่งเสริมด้านสุขภาพของบุคคลทุกเพศทุกวัยทุกช่วงอายุ ภายในพื้นที่ของมหาวิทยาลัย
การปฏิบัติงานในปัจจุบัน มหาวิทยาลัยมีการดำเนินการจราจรภายในพื้นที่ ในช่วงเวลาเร่งด่วนช่วงเช้าและช่วงเย็นของวันราชการ (08.00 น.-9.20 น. , 16.00 น.–18.00 น.) ตามจุดทางแยกต่าง ๆ ภายในมหาวิทยาลัยโดยมีการเพิ่มเจ้าหน้าที่จราจร เพื่อให้เกิดความคล่องตัวและการลดการคั่งค้างของรถยนต์ภายในพื้นที่ และยังมีนโยบายของมหาวิทยาลัยในเรื่องของการกระจายเวลาเข้าปฏิบัติงานของเจ้าหน้าที่มหาวิทยาลัย (Flexible Time) เพื่อเป็นการกระจายจำนวนรถที่จะเข้าพื้นที่พร้อมกัน จนเกิดการสะสมจำนวนมาก ซึ่งจะเป็นการช่วยลดการเกิดก๊าซพิษสะสม อีกทั้งยังมีบริการดูแลรถเสียและการจัดการอุบัติเหตุที่เกิดขึ้นอย่างมีประสิทธิภาพและรวดเร็วในพื้นที่เบื้องต้นอีกด้วย
เนื่องด้วยมหาวิทยาลัย เป็นแบบเปิดให้บุคคลภายนอกเข้า-ออก เพื่อมาติดต่อราชการ และประตูกลางของมหาวิทยาลัยเปิดให้บริการตลอด 24 ชั่วโมง อีกทั้งไม่ได้มีบังคับประตูเข้า-ออก จึงทำให้มียานพาหนะที่ผ่านมหาวิทยาลัยเป็นจำนวนมาก ดังจะแสดงจำนวนการเข้า-ออก ในตารางดังต่อไปนี้
ซึ่งวิธีการนับจำนวนยานพาหนะเข้า-ออก โดยการใช้เจ้าหน้าที่ประจำตามประตูของมหาวิทยาลัยเป็นผู้นับจำนวนของยานพาหนะ
ตลอดระยะเวลาที่ดำเนินการจัดการจราจรภายในมหาวิทยาลัย เป็นการช่วยลดอุบัติเหตุและลดการสะสมของก๊าซพิษนั้น นับว่าเป็นความร่วมมือเพื่อการพัฒนาที่ยั่งยืนตามเป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืนข้อ 3 (Good Health and well-being) เป็นประโยชน์ในการส่งเสริมด้านสุขภาพของบุคคลทุกเพศทุกวัยทุกช่วงอายุ ,ข้อ 4 (Quality Education) รับรองการศึกษาที่เท่าเทียมและทั่วถึง ส่งเสริมการเรียนรู้ตลอดชีวิตแก่ทุกคน , ข้อ 7 (Affordable and Clean Energy) รับรองการมีพลังงาน ที่ทุกคนเข้าถึงได้ เชื่อถือได้ยั่งยืน ทันสมัย, ข้อ 11 (Sustainable Cities and Communities) ทำให้เมืองและการตั้งถิ่นฐานของมนุษย์มีความปลอดภัยทั่วถึง พร้อมรับความเปลี่ยนแปลง และการพัฒนาอย่างยั่งยืน และ ข้อ 13 (Climate Action) ดำเนินมาตรการเร่งด่วนเพื่อรับมือการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศและผลกระทบ