มหาวิทยาลัยมหิดลได้มีนโยบายส่งเสริมการสร้างความเป็นมหาวิทยาลัยเชิงนิเวศ (Eco University) เพื่อให้เกิดการพัฒนาอย่างยั่งยืน (Sustainable Development) ได้มีโครงการผลิตน้ำมันไบโอดีเซลจากน้ำมันประกอบอาหารของศูนย์อาหารนั้นเกิดขึ้นในปี พ.ศ. 2560 จากการไปศึกษาดูงานต้นแบบในการดำเนินโครงการจากสถานที่ต่างๆ มหาวิทยาลัยมหิดลจึงได้มีแนวคิดนำน้ำมันที่ใช้แล้วจากโรงอาหาร กลับมาใช้ประโยชน์อีกครั้งผ่านกระบวนการต่างๆจนได้เป็นเชื้อเพลิงทางเลือกอีกประเภทหนึ่ง โดยใช้ต้นทุนการผลิตไบโอดีเซลเพียง 20-24 บาท ต่อ 1 ลิตร เท่านั้น เพื่อนำไบโอดีเซลที่ได้จากกระบวนการผลิตนำไปใช้กับ รถขนของ รถบรรทุกต่าง ๆ ภายในมหาวิทยาลัย และนำไปสู่การถ่ายทอดองค์ความรู้ไปสู่ชุมชนโดยรอบอีกด้วย โดยโครงการผลิตน้ำมันไบโอดีเซลจากน้ำมันประกอบอาหาร เป็นการนำน้ำมันเก่าหรือน้ำมันที่ผ่านการใช้งานมาแล้วเข้ากระบวนการใช้ปฏิกิริยาทรานส์เอสเทอริฟิเคชั่น (Transesterification) ผสมส่วนผสมต่างๆจนออกมาเป็นไบโอดีเซล สำหรับเครื่องผลิตน้ำมันไบโอดีเซลได้ตั้งอยู่ที่ อาคารศูนย์การเรียนรู้มหิดล มหาวิทยาลัยมหิดล
พื้นที่บริเวณศูนย์การเรียนรู้มหิดล เป็นพื้นที่ส่วนกลางของมหาวิทยาลัยและมีศูนย์อาหารกลางที่สามารถรองรับผู้มาใช้บริการได้มากกว่า 1,000 คน อยู่ภายในอาคาร ทำให้ศูนย์อาหารแห่งนี้เกิดน้ำมันใช้แล้วจากการทอดซ้ำเป็นจำนวนมาก ซึ่งหากผู้ประกอบการร้านค้ากำจัดไม่ถูกวิธีก็จะทำให้เกิดการปนเปื้อนสู่สิ่งแวดล้อมได้ สำหรับการผลิตไบโอดีเซลใช้ปฏิกิริยาทรานส์เอสเทอริฟิเคชั่น (Transesterification) ซึ่งเป็นการทำปฏิกิริยาเคมีระหว่างน้ำมันกับแอลกอฮอล์ได้ผลิตภัณฑ์เป็นเอสเทอร์และกลีเซอรอล โดยมีตัวเร่งในปฏิกิริยา
น้ำมันไบโอดีเซลที่ผลิตได้ นำไปใช้กับรถขนของภายในมหาวิทยาลัยมหิดล ทำให้เกิดการนำมาใช้ใหม่ ช่วยลดปัญหาด้านสิ่งแวดล้อม นำไปสู่การถ่ายทอดองค์ความรู้สู่ชุมชนโดยรอบ และสร้างระบบการจัดการน้ำมันใช้แล้วอย่างยั่งยืนต่อ
โครงการผลิตน้ำมันไบโอดีเซลจากน้ำมันประกอบอาหาร ได้รับความร่วมมือจากร้านค้าภายในศูนย์อาหาร ศูนย์การเรียนรู้มหิดล มีร้านค้าที่เข้าร่วม 6 ร้านค้า ซึ่งโครงการดังกล่าวจะเป็นประโยชน์ในการส่งเสริมการใช้พลังงานอย่างมีประสิทธิภาพอย่างยั่งยืน ตามเป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืนข้อ 7 (AFFORDABLE AND CLEAN ENERGY)