พ.ศ. 2552 มีประกาศมหาวิทยาลัยมหิดล เรื่อง การแบ่งหน่วยงานภายในของสำนักงานอธิการบดี พ.ศ. 2552 เพื่อให้การบริหารงานของสำนักงานอธิการบดี สามารถตอบสนองวิสัยทัศน์ พันธกิจ และยุทธศาสตร์ของมหาวิทยาลัยมหิดล ตลอดจนทำหน้าที่บริหารจัดการทั่วไปของมหาวิทยาลัย งานบริหาร งานบริการและสนับสนุนการดำเนินงานของทุกส่วนงาน โดยสำนักงานอธิการบดี มีหน่วยงานทั้งสิ้น 18 หน่วยงาน อันประกอบไปด้วย 12 กอง 5 ศูนย์ 1 โครงการจัดตั้ง (จากประกาศมหาวิทยาลัยมหิดล 29 มิถุนายน 2552)

พ.ศ. 2552 มีประกาศมหาวิทยาลัยมหิดล เรื่อง การโอนอำนาจหน้าที่ของหน่วยงานภายในสำนักงานอธิการบดี พ.ศ. 2552 เพื่อให้การบริหารงานของหน่วยงานภายในสังกัดสำนักงานอธิการบดีมีความคล่องตัวและต่อเนื่องจึงขอเปลี่ยนแปลงชื่อหน่วยงานภายในสังกัดสำนักงานอธิการบดี ดังนี้

1. กองกลาง เปลี่ยนชื่อเป็น กองบริหารงานทั่วไป
2. กองการเจ้าหน้าที่ เปลี่ยนชื่อเป็น กองบริหารทรัพยากรบุคคล
3. กองบริการการศึกษาและกองทะเบียนและประมวลผล เปลี่ยนชื่อเป็น กองบริหารการศึกษา
4. สำนักพัฒนาคุณภาพ เปลี่ยนชื่อเป็น กองพัฒนาคุณภาพ
5. งานตรวจสอบภายใน เปลี่ยนชื่อเป็น ศูนย์บริหารจัดการความเสี่ยง
6. หน่วยจัดหาประโยชน์จากเงินรายได้ เปลี่ยนชื่อเป็น ศูนย์บริหารสินทรัพย์
7. สำนักคอมพิวเตอร์ เปลี่ยนชื่อเป็น กองบริการเทคโนโลยีสารสนเทศ
8. ศูนย์ศาลายา เปลี่ยนชื่อเป็น กองกายภาพและสิ่งแวดล้อม
(จากประกาศมหาวิทยาลัยมหิดล วันที่ 29 มิถุนายน 2552)

พ.ศ. 2552 มีประกาศมหาวิทยาลัยมหิดล เรื่อง การแบ่งหน่วยงานภายในของสำนักงานอธิการบดี (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2552 ให้เปลี่ยนแปลงชื่อหน่วยงานภายในสำนักงานอธิการบดี และจัดตั้งหน่วยงานในสำนักงานอธิการบดีเพิ่มขึ้น ดังนี้
1. กองบริการเทคโนโลยีสารสนเทศ เปลี่ยนชื่อเป็น กองเทคโนโลยีสารสนเทศ
2. กองบริหารทรัพยากรบุคคล เปลี่ยนชื่อเป็น กองทรัพยากรบุคคล
3. จัดตั้ง โครงการจัดตั้งวิทยาเขตอำนาจเจริญ
(จากประกาศมหาวิทยาลัยมหิดล 29 ตุลาคม 2552)